O Tribunal de Contas do Estado da Bahia é originário do Tribunal de Conflitos e Administrativo, criado pela Constituição Baiana de 1891. Era um Órgão misto, com atribuições fiscalizadoras nos setores administrativo e financeiro, composto por representantes dos Três Poderes, sendo dois do Judiciário, dois do Legislativo (um do Senado e outro da Câmara), além de um do Executivo.
Cabia a esse Tribunal, além da fiscalização financeira do Estado e dos Municípios, dirimir conflitos de atribuições que surgissem entre os Três Poderes. Instituído pela Lei nº 1.120, de 21 de agosto de 1915, sancionada pelo governador Joaquim Seabra, o Tribunal de Contas da Bahia substituiu o Tribunal de Conflitos e Administrativo, em decorrência da Reforma da Constituição de 1891, ocorrida em 24 de maio de 1915. Era composto de cinco membros vitalícios, com aprovação do Senado, dentre doutores e bacharéis em Direito, maiores de trinta anos e de reconhecida capacidade.
A sessão de instalação do novo Tribunal foi realizada no dia 06 de setembro de 1915, presidida por José Joaquim Landulfo Medrado, membro do extinto Tribunal de Conflitos e Administrativo. A primeira Corte de Contas da Bahia ficou assim constituída: Carlos Chenaud, José Carlos Junqueira Aires, José Joaquim Landulfo Medrado, Antônio José Seabra e Ariston Henrique Martinelli. São dois os períodos da história do Tribunal de Contas da Bahia. O primeiro começou em 1915 e terminou em 1942, quando foi extinto pelo interventor Renato Onofre Pinto Aleixo. Seis anos e cinco meses depois, começou o segundo período, no ano de 1949, reaberto pelo governador Octávio Mangabeira.
A Lei nº 1.182, de 22 de agosto de 1916, concedeu o tratamento de conselheiros aos membros do Tribunal de Contas da Bahia. Com a Constituição promulgada em 20 de agosto de 1935, o número de conselheiros foi elevado de cinco para sete. A primeira Lei Orgânica do Tribunal de Contas da Bahia, dando-lhe autonomia de funcionamento e organizando seu quadro de pessoal próprio, foi sancionada em 17 de novembro de 1961 (Lei orgânica nº 1.554). O corpo deliberativo foi subdividido em duas Câmaras, cada uma delas com atribuições específicas de julgamento de determinados tipos de processos. As inovações mais importantes ocorridas na atual Constituição da Bahia, em relação ao Tribunal de Contas do Estado, são as que lhe atribuíram competências para apreciar a razoabilidade, a legitimidade e a economicidade de determinados atos da Administração ao lado da apreciação dos aspectos formais de regularidade e legalidade desses atos.