Ao longo de sua história, o Tribunal de Contas funcionou em locais distintos da cidade. Suas atividades começaram no antigo solar da Rua Chile, nº 19. Alugado pelo Governo Imperial para sede do Tribunal de Apelação e Revista, foi instalada ali a primeira Corte de Contas baiana, no 2º andar do extinto Tribunal de Conflitos e Administrativo. Alguns meses depois, mudou-se para o 2º andar do Palacete Gordilho, mesmo local da casa do Barão de Itapuã, entre a Rua Chile e a Rua da Ajuda, com entrada pela Travessa da Ajuda denominada posteriormente Rua Bonifácio Costa.
O Tribunal de Contas mudou-se da Travessa da Ajuda para o edifício da Secretaria da Fazenda, ocupando todo o seu 4º andar. Após quase três décadas (exatos 27 anos) de funcionamento no bairro da Ajuda, instalou-se num confortável solar de dois andares localizado na Avenida Sete de Setembro, nº 221, atual 964, trecho das Mercês. Em março de 1959, o Tribunal de Contas mudou-se para a mansão senhorial do Campo Grande, situada na entrada do Canela.
Com a transferência definitiva para o Centro Administrativo da Bahia - CAB, o majestoso imóvel passou para a ser ocupado pela Procuradoria Geral do Estado, depois de restaurado em suas linhas características de solar do século XX. No CAB, o Tribunal funcionou em sua sede definitiva, na Avenida 4, nº 495, inaugurada a 5 de novembro de 1981, pelo Governador Antônio Carlos Magalhães e pelo Presidente do TCE Conselheiro Joaquim Batista Neves, até o dia 02 de janeiro de 1999. Nesta data, um incêndio de grandes proporções, que destruiu a quase totalidade das suas instalações, fez com que este viesse a se instalar, provisoriamente, no antigo prédio do IAPSEB, também no CAB, até fevereiro de 2001, quando um imenso esforço de reconstrução permitiu o retorno do órgão à sua sede definitiva.